食品質量與衛生殺菌設備有著最直接的關聯，而對于食品本身的殺菌又稱內部污染控制，對于固體食品、液體食品、粉狀食品和肉制品，熱殺菌技術和設備主要有以下幾種:

一、微波殺菌:微波是頻率從300MHz ~ 300GMHz的電磁波。微波直接與材料相互作用，將超高頻電磁波轉化為熱能。微波殺菌是微波熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌膜段的電位分布影響細胞周圍電子和離子的濃度，從而改變細胞膜的通透性。細菌因此營養不良，無法正常代謝，生長發育受阻，死亡。從生化分析的角度來看，細菌正常生長繁殖的核酸(RNA)和脫氧核糖核酸(DNA)是由許多緊密相連的氫鍵形成的盤繞大分子。微波可引起氫鍵的弛豫、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因或染色體畸變甚至斷裂。微波殺菌是利用電磁場效應和生物效應殺死微生物。該微波裝置在殺菌溫度、殺菌時間、產品質量維護、產品保質期和節能等方面具有明顯優勢。適用于包裝面包、果醬、香腸、鍋餅、零食和貯藏中的昆蟲和雞蛋的殺滅。

二、高壓殺菌技術:將食品置于液體介質中，加100MPa-1000MPa壓力一段時間，作為加熱，殺滅食品中微生物的過程。蒸壓法避免了熱處理過程中影響食品質量的弊端，保持了食品原有的風味、色澤和營養價值。由于液體介質瞬間壓縮過程，殺菌均勻，無污染，操作安全，且能耗比加熱法低，減少環境污染。適用于肉類、雞蛋、大豆蛋白、水果、香料、牛奶、果汁、礦泉水、啤酒等物品的加工。

三、巴氏殺菌:巴氏殺菌是指用熱水作為傳熱介質，在相對較低的溫度下進行的一種熱處理方法。滅菌條件為61 ~ 63℃滅菌30min, 72 ~ 75℃滅菌10 ~ 15min。加熱時應注意物料表面溫度比內部溫度低4 ~ 5℃;由于巴氏法生產的產品保質期短，生產時間長，生產過程不連續，長時間加熱容易使一些熱敏性成分發生變化，所以一般只適合鮮奶生產企業。

四、低溫殺菌:低溫殺菌是對食品中的微生物進行部分殺菌的加熱方法。通常使用100℃以下的溫度。由于低溫殺菌后食品中細菌較多，為了延長產品的保質期，采用了冷藏、發酵、添加添加劑、脫氧等加工技術。該方法主要適用于pH值在4.5以下的酸性食品和強制熱處理導致質量較差的食品。近年來，該法律也被適用于牛奶和保質期較短的商品。

五、超高溫瞬間殺菌:簡稱UHT殺菌。一般加熱溫度為125 ~ 150℃，加熱時間為2 ~ 8s。當產品加熱后達到商業無菌要求時，滅菌過程稱為UHT滅菌。這種殺菌方法，可以在瞬間達到殺菌的目的，殺菌效果特別好，幾乎可以滿足或接近殺菌要求，而且引起的化學變化小。它能提高加工能力，節約能源，減少設備體積，穩定產品質量，并能實現設備就地不拆卸循環清洗。目前已發展成為一種高技術的食品殺菌技術。